U svom duhovnom usponu na vrhunce svetosti Franjo na brdu La Verni 1224. g. biva obilježen Isusovim ranama (stigmama). Naime, Franjo je gledao šestokrilog Serafa koji raširenih ruku i stisnutih nogu, pričvršćen na križ lebdi nad njim.Svetac je bio obuzet dubokim čuđenjem zbog te prikaze, ali je sam nije mogao protumačiti. Najednom se počnu na njegovim rukama i nogama pojavljivati tragovi rana kako ih je vidio na raspetom čovjeku iznad sebe.

Nakon ove vrhunske točke mogao je uslijediti još samo svršetak.

U dobi od četrdeset i dvije godine osjećao je da mu se, pritisnuta bolešću, oslabljena od askeze i rana, teške bolesti očiju – bliži smrt.

Kod Franje ni traga nekom strahu od smrti! U takvom stanju Franjo po posljednji put blagoslovi svoj ljubljeni Asiz, legne u zadnjoj uri gol na golo tlo, jer je “htio da se gol bori s golim”. Zatim reče: “Dobro došla, moja sestrice Smrti!” i odmah naredi okupljenoj braći da mu pjevaju o sestrici Smrti:

“Hvaljen budi, Gospodine moj,
zbog sestre nam Smrti tjelesne
kojoj nijedan živi čovjek izmaknuti ne može.
Jao onima što umiru u smrtnome grijehu.
Blaženi koje snađu u tvojoj presvetoj volji,
jer im druga smrt neće nauditi.”

(Iz Pjesme Brata Sunca)

Franjo je “sestricu smrt”, dakle, dočekao pjevajući 3. listopada 1226. g. u Porcijunkuli, crkvici ispod Asiza.

Kratko vremena iza njegove smrti održana je svečana rasprava o njegovu proglašenju svetim. Budući da o toj stvari nije bila iznesena niti jedna sumnja, sud je 1228. g. jednoglasno izjavio: “Izvanredno svet život potpuno svetog čovjeka ne treba potvrde čudesima, jer smo ga svojim vlastitim očima motrili, da tako kažemo doticali i u svjetlu istine promatrali.”